O facto de esta fundação ser exclusivamente financiada por dinheiros públicos levantou polémica. Além do Tribunal de Contas, a Inspecção-Geral da Administração Interna, a Polícia Judiciária e uma comissão da Assembleia da República investigaram a instituição e tudo redundou numa crise política que levou à demissão de dois membros do Governo, Armando Vara e Luís Patrão, secretário de Estado da Administração Interna.

Em Janeiro de 2001, Rui Pereira, substituto de Luís Patrão, pôs termo a esta crise política, extinguindo a FPS, depois de pedir ao Conselho Consultivo da Procuradoria-Geral da República um parecer sobre a viabilidade de fundações constituídas à conta de dinheiros públicos, que concluiu que a FPS não tinha condições para prosseguir as suas finalidades estatutárias, aliás muito pouco definidas. Paulo Pedroso era secretário de Estado do Emprego e Formação Profissional do mesmo Governo que financiou a FPS.

O desembargador Varges Gomes que tem como tarefa redigir o recurso de não pronúncia de Pedroso - recurso esse que é irrecorrível, no caso de ser concordante com o despacho da juiza de instrução criminal, Ana Teixeira e Silva, que o libertou do processo - é casado com a vice-presidente socialista da Câmara Municipal de Portimão, Isilda Maria Gomes, que é também presidente da Comissão Política Concelhia do PS/Portimão.